Markas Sistem Armada (MSA) ditubuhkan bertujuan sebagai perancang dan pelaksana operasi dalam menguruskan pembaikan, senggaraan serta perkhidmatan teknikal dan pembekalan alatganti kepada semua aset TLDM yang meliputi kapal, pesawat helikopter TLDM serta bot-bot kecil Markas Sistem Armada TLDM telah ditubuhkan pada 7 Jul 81 di Pangkalan TLDM Woodlands, Singapura. Pada masa tersebut, ia dikenali sebagai Markas Panglima Material Armada (FMC). Penukaran nama kepada Markas Sistem Armada TLDM sejajar dengan rombakan organisasi TLDM pada tahun 1996.
Perpindahan Markas Sistem Armada Ke Pangkalan TLDM LUMUT
Sejarah perpindahan Markas Panglima Material Armada TLDM ke Pangkalan TLDM Lumut bermula pada 1 Okt 82 hingga 23 Dis 82 yang terdiri daripada 2 5 pegawai dan 63 anggota LLP. Pemindahan ini dilaksanakan dalam dua peringkat iaitu peringkat “Advance Party” dan “Main Party”.
